Hola Jorge:
Entre las opciones que propones, yo me decantaría por la primera: captura el vídeo, o un enlace al vídeo, y en la misma nota que se crea, debajo añadir en primer lugar las marcas de tiempo del fragmento, o de los fragmentos de interés y, a continuación, las anotaciones que creas oportunas.
Yo actualmente no estoy haciendo uso de las etiquetas, es algo que tengo que pensarlo bien: qué uso le quiero dar y cómo lo voy a hacer, ya que es fácil generar demasiadas etiquetas. Hay que crear una estructura todo lo sencilla posible, pero no más de lo necesario, y que se pueda usar de forma consistente.
Saludos desde España.