同じ状況かわかりませんが,legacy版というか,少し古めのevernoteを使っていたら同期がされなくなったものがあったのですが,いきなり新しくするのが怖くて最新版のものを別で一度evernote2としてインストールして,それで二つ立ち上がっていたところから,まあ乗り換えてもいいかなと思って古いやつをバージョンアップしたらデータが消えちゃっておーんってなりました.
でも古いバージョンのdmgが残っていたのでそれで再度古いものをインストールしたら,どうもデータがどこかには残っていたようで,同期されないままのノートも含めて読み出すことができて,手で新しいものをコピーすることでことなきを得ました.