Hola @juanma. Evernote no elimina el contenido ya sincronizado de una cuenta sin indicación directa del propietario.
¿Puedes verificar que haz utilizado las credenciales correctas para tu cuenta?
En ocasiones, un usuario puede crear más de una cuenta de Evernote con credenciales similares sin darse cuenta. Basándome en tu descripción, es posible que hayas ingresado a otra cuenta de Evernote en vez de la que estabas utilizando anteriormente. Esto explica porque tu notas desaparecieron "como por arte de magia".
Por favor, ingrese a www.evernote.com con **cualquier correo electrónico** que hayas podido utiliza y la contraseña. ¿Puedes encontrar la cuenta que buscas?
De ser así, simplemente cierre la sesión actual de la aplicación de Evernote e ingrese las credenciales correctas.
Si no le es posible encontrar la cuenta que deseas, hazmelo saber por mensaje directo (selecciona mi perfil) y te ayudaré.