私の現象については自己解決したので報告します。参考リンクもつけます。
まず、windows Evernoteクライアントソフト上で書き込んだ情報をすべて同期して、ローカルに敷かないノートがないようにします。
その後、クライアントソフトをアンインストールします。ノートの内容はクラウド上に自分のアカウントの下で生きていますので、心配入りません。
新しくダウンロードした最新版クライアントソフトをインストールすると、すべてのノートに見えていた無駄なPDFファイルはすべて消えていました。
http://okwave.jp/qa/q8520331.html